El objetivo general del MUNA es preservar, investigar y difundir una colección de objetos creados por las culturas en el territorio nacional, con el fin de conservar este legado como un patrimonio cultural de las generaciones actuales y futuras; que propicien el sentimiento de arraigo de los salvadoreños, dando un ejemplo constructivo de nuestra riqueza y de nuestras posibilidades culturales.

El MUNA busca lograr su inserción en la sociedad, para que se apropie de su patrimonio cultural contribuyendo al fortalecimiento de su identidad; convertir al MUNA en un centro cultural y un medio de educación permanente.

El contenido de cada sala de exhibición muestra 3 época culturales diferentes: época prehispánica, época colonial y época contemporánea; cada una esta diferenciada por un color: café, amarillo y verde respectivamente.

El museo presenta 5 salas de exhibición permanente y una sala temporal en el que se presenta la historia de nuestro país.

Sala Introductoria:

Esta sala enfoca y explica el concepto de antropología que es la ciencia que estudia al ser humano en su pasado, presenta, y sus proyecciones futuras, y la forma en la que éste interactúa con su medio ambiente. En esta sala se trata de explicar el concepto de patrimonio cultural e identidad nacional.

 

Sala de Asentamientos Humanos:
Esta sala contiene los antecedentes históricos de los primeros asentamientos que existieron en El Salvador, evidencias del aparecimiento, el desarrollo, organización y estratificación social de las culturas prehispánicas; además se relata la llegada de los españoles y el proceso de conquista  que sufrió el país, así como también los cambios sociales, culturales y económicos que se produjeron, finalizando con un vistazo de San Salvador a principios del SXX.

 

Sala de Agricultura:
A través de la sala se observan las diferentes técnicas e instrumentos agrícolas ocupados en el territorio nacional a través del tiempo, dieta alimenticia y principales productos agrícolas. En la época colonial se muestran los principales productos que fueron explotados por los españoles los cuales fueron el cacao, el añil y el bálsamo; en la época contemporánea se reflejan las técnicas empleadas en la agricultura , la importancia del maíz y otros cultivos tales como el café, el algodón y el henequén.

 

Sala de Religión:
Presenta principalmente la cosmovisión que los indígenas poseían con respecto a sus dioses y el misticismo de los sacrificios y la muerte; en la época colonia se muestra la introducción del catolicismo y sus diferentes manifestaciones; en la época contemporánea se presenta la diversidad de religiones y la libertad de culto que surge de la tolerancia religiosa que existe en nuestro país. 

 

Sala América Precolombina:
La sala de america precolombina presenta algunas de las culturas precolombinas de america mas relevantes. La sala se ha dividido en tres grandes zonas culturales: Suramérica, Mesoamérica y Norteamérica. Todas las piezas que componen la muestra están compuestas por replicas donadas por Perú, México y Los Estados Unidos.
 
Entre las piezas donadas por el gobierno del Perú se destaca la momia de Paracas y réplicas de las culturas como la chavín, moche, tiahuanako, chimu e inca. 
 
El área de Mesoamérica muestra réplicas aztecas, zapotecas, cultura de remojadas, colima y mayas. 
 
Norteamérica expone réplicas de las tribus timucua, hohokam, mogollon, calusa y pueblo. El total de piezas a exhibir es de alrededor de 150 entre restos humanos, litica y ceramica.